Pavel Dybenko sinh tại làng Lyudkovo, Novozybkov uyezd, Chernigov guberniya, Hoàng gia Nga (nay là Novozybkov, tỉnh Bryansk, Nga) trong một gia đình nông dân Ucraina. Năm 1907, ông bắt đầu làm việc trong bộ phận Kho bạc địa phương, nhưng bị sa thải là "không đáng tin cậy" do các hoạt động chính trị của ông.

Từ năm 1907 trở đi, Dybenko hoạt động trong một nhóm Bolshevik, phân phát các tài liệu cách mạng trên khắp vùng Novozbykov. Ông chuyển đến Riga và làm việc như một công nhân cảng. Ông đã cố gắng để trốn nghĩa vụ, nhưng đã bị bắt và buộc phải nhập ngũ.